"Подготовка антирелигиозной кампании началась в конце 1957 года. Республиканские ЦК КПСС и председатели Советов по делам РПЦ и религиозных культов представили по запросу заведующего сектором в ЦК партии К. У. Черненко справки об активизации религиозных организаций и состоянии научно-атеистической пропаганды. 7 декабря на имя председателя Президиума Верховного Совета СССР К. Е. Ворошилова поступила "Информация о письмах граждан по религиозным вопросам", с которой были ознакомлены члены и кандидаты в члены Президиума ЦК. Там говорилось о потоке ходатайств насчет открытия и регистрации церквей, делался вывод о массовой самовольной организации религиозных общин и ослаблении атеистической пропаганды. 19 апреля 1958 г. дело было доложено секретарю ЦК партии Е. А. Фурцевой, курировавшей церковные проблемы. Свою роль сыграло апрельское письмо из "Литературной газеты" о "повсеместном наступлении церкви". В начале мая состоялось совещание ответственных работников отделов пропаганды, науки, школ и вузов, культуры ЦК КПСС, Госполитиздата, ЦК ВЛКСМ и др. Там говорилось о необходимости приступить к выполнению антирелигиозного постановления ЦК КПСС от 7 июля 1954 г., издавать массовый научно-популярный журнал "Наука и религия", прозвучала критика деятельности Совета по делам РПЦ.
Прежнее руководство этой организации было обновлено. После знакомства с новыми членами Совета патриарха Алексий встревоженно заявил управляющему делами патриархии Н. Ф. Колчицкому: "Я думаю, что это подготовка к уходу Карпова с должности председателя- это крайне нежелательно... Новым товарищам, вероятно, будет трудно работать, так как они, наверное, были активны в антирелигиозной работе". Посольства стран Восточной Европы перестали приглашать представителей духовенства на дипломатические приемы. Смета валютных расходов Московской патриархии на 1958г. была сокращена с 2,56 млн. до 1,8 млн. инвалютных рублей. Совет по делам РПЦ направил уполномоченным инструктивные письма о противодействии активизации церковников; улучшении информирования; пресечении торжественного празднования юбилейных церковных дат. Был закрыт доступ верующим к Глинковскому источнику близ Троице-Сергиевой лавры [5] .
Антирелигиозная кампания началась с гонений на монастыри, ибо они оставались местами паломничества и национальными источниками веры. Так, Почаевская лавра в Тернопольской обл. получила от верующих в 1957-1858гг. 11024 посылки и более 16 тыс. денежных переводов на сумму 3,4 млн. руб.; среди лиц, поступивших в конце 50-х годов в закарпатские обители, 84,6% составляли люди моложе 30 лет. Сами монастыри не имели так называемых "двадцаток" из мирян для правового представления перед властями. Отсюда - стремление властей поразить сначала слабое в правовом отношении звено церкви [6] . 24 октября секретарь ЦК КП Украины Н. В. Подгорный предложил закрыть 13 из 40 украинских монастырей и скитов, передать территорию нижней части Киево-Печерской лавры с "ближними" пещерами Государственному музею-заповеднику. И постановлением Совета Министров УССР от 1 ноября из 357 га их земель украинским монастырям было оставлено 60. В январе 1959 г. были выселены монахи из Киево-Печерской лавры. Молдавские власти предложили закрыть 12 из 14 монастырей в республике. В РСФСР Псковско-Печерскому монастырю из 26,5 га земли оставили 4,4 внутри двора, и со сверхвысоким налогом. Областной партийный актив решил вообще добиться ликвидации обители. Совет по делам РПЦ вынудил у патриарха согласие не давать никаких дотаций обителям без санкции Совета и запретить прием в монастыри лиц моложе 30 лет.
Повышение налога на доход свечных мастерских коснулось каждого прихода. Начали распускать платные церковные хоры. Уменьшили доходы священников. Патриархат захлестнула волна просьб архиереев о помощи. Например, Ивановской епархии необходимо было заплатить налог за четвертый квартал 1958 г. 3,088 млн. руб., а в епархиальный кассе имелось 0,1 млн; у Ярославской епархии соответственно 0,586 млн. и 0,037 млн.; уже 29 октября Совет по делам РПЦ посетили работники хозяйственного управления патриархии во главе с его председателем архиепископом Макарием, чтобы убедить в необходимости отменить подрыв всей экономической жизни церкви. Однако последовало твердое "нет". В ноябре - декабре 1958 г. прошла массовая чистка церковных библиотек. Вступила в силу "Инструкция о порядке пропуска в СССР религиозной литературы и предметов религиозного культа". 28 ноября ЦК КПСС принял постановление "О мерах по прекращению паломничества к так называемым "святым местам". Чтобы прекратить доступ верующих к 700 учтенным по СССР святым местам, применялись любые методы. Территория вокруг источника в Коренной пустыни под Курском была огорожена, выставлена милицейская охрана и планировалось изменение русла реки. В Ульяновской обл. при паломничестве к святому месту у пос. Сурское привлекли к судебной ответственности его организаторов. На Украине несколько почитаемых источников засыпали и выпустили кинофильм "Правда о мощах". На месте святого источника в с. Вязовое Тамбовской обл. устроили летний лагерь для свиней.."