Откуда взялось название до сих пор точно не известно. По одной из версий оно произошло от эвенского слова «монгодан» — морские наносы, по другой — «монгот» — высохшее дерево, тогда «монгодан» — скопление сухих деревьев, по третьей — от прозвища бедного эвена Магды — «трухлявого пенька», обитавшего здесь когда-то.
Посёлок Магадан на месте города был основан в 1929, городом стал 14 июля 1939, с 1954 — областной центр Магаданской области. В 1930—1934 годах был центром Охотско-Эвенского национального округа. С 1931 до середины 50-х годов — административный центр треста «Дальстрой».