После распада СССР этот УТЦ также был актуален и готовил специалистов атомных и дизельных подлодок, но время неумолимо шло вперёд, старые подлодки списывались, а новые практически не строились, а потому и модернизировать УТЦ новыми системами для более современных подлодок смысла не было.
А когда судостроение снова начало оживать и на воду стали спускаться новые современные подводные лодки, этот УТЦ уже не мог обеспечить подготовку новых специалистов для них, ведь в его корпусах оставалось устаревшее оборудование уходящих в прошлое и снимаемых с вооружения подлодок. Да и само его здание уже давно находилось в аварийном состоянии.
Так к началу 2000-х гг. центр окончательно устарел и был законсервирован. Около 15 лет он стоял фактически заброшенным без присмотра и конечно в него потянулись мародёры, которые стали разбирать оборудование на цветной металл. Так продолжалось ещё несколько лет, пока однажды крыша аварийного здания не обрушилось и не похоронила под собой остатки учебных отсеков подлодок.