История 1919 - 1922 гг. — экспедиция московских ученых под руководством С. И. Огнева обнаружила на небольшой воронежской речке Усманке несколько поселений бобра. В то время считалось, что этот ценный промысловый зверь уже полностью истреблен в России.
3 декабря 1923г. - Воронежский Губернский Лесной подотдел Губземотдела учреждает Государственный Бобровый заповедник в полосе шириной 2 версты вдоль русел рек Усмань, Ивница, Мещерка, Кривка. Для охраны заповедника утвержден штат из заведующего заповедником, его помощника, четырех егерей и двух сторожей чернорабочих.
19 мая 1927 г. - Совет Народных Комиссаров РСФСР утвердил Положение о Воронежском государственном охотничьем бобровом заповеднике. Площадь заповедника — 2496 десятин вдоль русла р. Усмани. Эта дата официально признается днем рождения Воронежского заповедника.
1932 г. - в заповеднике для изучения биологии бобров, их размножения и расселения в различные регионы страны создан первый в мире экспериментальный бобровый питомник.
1934 г. - для показа разнообразия животного мира заповедника и ведения природоохранной пропаганды среди населения основан Музей природы.
На бобровом питомнике впервые в условиях неволи от бобров получен приплод. Благодаря охране территории возросла численность бобров на реках заповедника — учтено более 450 животных. Первая партия воронежских бобров отправлена на расселение в Лапландский заповедник.
Отлов и расселение бобров из Воронежского заповедника продолжались до 1977 г. За это время из заповедника вывезено около 3 тыс. бобров в 52 региона СССР, а также в ГДР, Польшу, КНР и другие страны. В настоящее время численность бобров в России превышает 340 тыс., почти половина имеют воронежское происхождение.
1985 г. - решением Бюро Международного Координационного Совета программы «Человек и биосфера» (MAB) Воронежскому заповеднику присвоен статус биосферного резерват ЮНЕСКО. Заповедник вошел в международную сеть биосферных резерватов, осуществляющих мониторинг за состоянием окружающей среды. Для этих целей в 1988 г. была создана станция фонового мониторинга.
Жаркое лето 2010 г. — 42 загорания на территории заповедника, огнем пройдено 135 га. леса.
2011 г. - в заповеднике начата реализация пилотного проекта по организации экологического туризма. Заповедник прошел регистрацию как Федеральное государственное бюджетное учреждение «Воронежский государственный природный биосферный заповедник». Утвержден Устав заповедника.
В 2013 году Воронежскому заповеднику было присвоено имя выдающегося натуралиста и писателя Василия Михайловича Пескова. Практически сразу был создан небольшой музей, который постепенно пополняется уникальными экспонатами. В рамках его деятельности проводится два регулярных мероприятия – Песковские чтения (в марте) и День памяти В.М. Пескова (в августе).
2015 год– открыты для посетителей двухуровневый аквариум - бобронариум, а также интерактивный музей «Дом бобра» в «Бобровом городке». Создан детский игровой городок. Запущена экологическая тропа «Малая Черепахинская» протяжённостью 1,5 км.
2017 год - после обновления открыта для посетителей интерактивная экспозиция «Лесные пожары».
Воронежский заповедник впервые принял участие в акции «Ночь музеев». Заповедник выпускает ежемесячную газету «Бобрые вести».
25 декабря 2020 года на Центральной усадьбе Воронежского заповедника открыт памятник Василию Михайловичу Пескову – выдающемуся советскому и российскому журналисту, писателю, телеведущему, путешественнику и фотографу. После открытия памятника была презентована обновленная экспозиция музея Василия Пескова, которая обрела своё постоянное место.