9 августа 1959 г. 276-й АП был переформирован в 276-й инженерный полк, позже он сменил номер на 109-й инженерный полк, а к октябрю из двух его ПССБ была сформирована 1083-я подвижная ремонтно-техническая база, в.ч. 23581, которая 1 июня 1960 г. была переформирована в 1083-ю ремонтно-техническую базу.
В соответствии с приказом №00119 Министра обороны СССР от 31 декабря 1959 г. все ракетные части, на вооружении которых стояли межконтинентальные ракеты и ракеты средней дальности, были переданы из состава ВВС в состав сформированных Ракетных Войск Стратегического Назначения.
1 июля 1960 г. на основе 96-й авиационной дивизии была сформирована 45-я ракетная Краснознамённая ракетная дивизия РВСН в.ч. 18289, в состав которой вошли 109-й ракетный полк, сформированный из 109-го ИП и 1083-я РТБ для ядерного обеспечения полка.
В это же время в районе села Николаевка Партизанского района началось строительство будущих дивизионов полка и хранилищ РТБ при них, а в 1961 г. оба дивизиона полка сборочные бригады РТБ заступили на боевое дежурство, имея на вооружении по четыре пусковых установки ракетных комплекса 8П863 Р-12 в каждом дивизионе.
Уже в апреле 1961 г. боевые расчёты 109-го ракетного полка первыми во всей дивизии произвели успешные пуски ракет на полигоне Капустин Яр, а в июле того же года приняли участие в специальных учениях Генерального Штаба РВСН, в ходе которых одна стартовая батарея одного из дивизионов полка была переброшена по железной дороге в порт Посьет, откуда по морю доставлена в порт Ванино, а далее своим ходом на полигон "Перевал", откуда был произведён пуск по полигону на Камчатке.
В сентябре 1970 г. 45-я РД и входивший в неё 109-й РП были расформированы, а его дивизионы сняты с боевого дежурства. После вывоза специальных (ядерных) боевых частей ракет была расформирована и РТБ.