Не отрицает. Просто бог не нужен.
Когда ты нажимаешь выключатель и загорается свет, ты же не отрицаешь существование бога, живущего в лампочке и дающего свет, тебе в целом понятен процесс и места богу в нём нет. Аналогично и в науке, чем более исследованной становится какая-нибудь область знаний, тем меньше остаётся места для бога.