31 января (13 февраля) 1918 года началась резня мирного населения города Коканд и окрестных кишлаков. Дашнаки в течение трех дней убивали всех мусульман, имевших несчастье встретиться им на пути, грабили дома и лавки. Махалли и кишлаки местных жителей были сожжены, а огромная добыча свалена на вокзале, чтобы ее было удобней увозить в качестве трофеев.
Не только местные узбеки, составлявшие заметную часть защитников Кокандской автономии, были перебиты, но и персы, евреи и даже русские сторонники Туркестанской автономии и члены их немногочисленных общин в городе Коканде, невзирая на пол и возраст, были убиты. Инициатива убийств исходила от армян, ожесточившихся на персидскую общину и на узбеков. Позже, в свое оправдание представители армянской общины Коканда, наиболее активные в этой резне, говорили, что их якобы подталкивал к насилию страх перед объявлением мусульманами "джихада".
Основные силы дашнаков сожгли Коканд и устроили резню местных жителей. Другой отряд дашнаков после убийств мирных жителей Коканда, захватил селение Сузак и расстрелял там все население. Третий отряд Красной армии, в составе которого были дашнаки, вступил в бой с народными повстанцами у Базар-Кургана и был вынужден отступить. В течение 20 дней все кишлаки в этой зоне подвергались нападениям, все мусульмане мужского пола, невзирая на возраст, были убиты. Те, кто выжили, хоронили погибших, но дашнаки появлялись вновь и убивали оставшихся, даже тех, кто молился у свежих могил.