Очень уж разная история, расклад сил и темперамент у народов в Чехословакии и Югославии.
История чехов и словаков такова, что они вообще довольно спокойно себя вели после покорения их австрийцами и венграми. Словаки так в целом вообще 1000 лет провели "под игом". Венгры их не мучали, не убивали, не сношали в сраку по настроению и на колы не рассаживали.
А вот на территории будущей Югославии жестокие турки с бедными сербами поступали именно так и потому те массово переселялись с территории средневековой Сербии в австрийские владения на так называемую Военную границу где у них не сложились отношения с хорватами. Турок погнали, а православные сербы то остались в католической Хорватии, при этом сильные и воинственные граничары.
Если в 1991 г. в Хорватии 12 % населения составляли сербы (при этом через границу что в Сербии, что в прилегающей к Сербской Краине БиГ жили тоже сербы), то в Чехии словаков было 3.1 %, а чехов в Словакии ещё меньше - 1.1 %
У чехов в своё время была главная проблема - немцы, которых было 30 % населения на территории нынешней Чехии до войны, а у словаков венгры. После ВМВ вопрос с немцами решился, ну а венгры продолжают жить в Словакии в южных районах, но воевать не собирались в 90-х.
Кроме того разница в том что при османской власти богумилы-бошняки и ещё кое-кто перешли в ислам, что ещё больше осложнило проблему, ну и османские власти в 19 веке-начале 20 активно заселяли албанцами Косово, а сербы массово уезжали оттуда.
Ну и все помнят как оно было во время ВМВ, когда хорваты в НГХ при Павеличе бедных сербов резали сербосеками, тут уж малопонятно вообще как два основных народа страны после войны примирились на время благодаря авторитету Броз Тито.
А в Словакии же во время ВМВ в "Словацком государстве" при Тисо никто чехов не вырезал.