В Российской империи до 1893 года службу по охране государственных границ несла пограничная стража Департамента таможенных сборов Министерства финансов. Указом Александра III от 15 октября 1893 года на основе пограничной стражи был сформирован Отдельный корпус пограничной стражи, который организационно упорядочил охрану границы. Службу по охране государственных границ с 1893 года нёс Отдельный корпус пограничной стражи, а контроль за въездом в империю и выездом за её пределы осуществляла Пограничная жандармерия[2].
Декретом Совета народных комиссаров РСФСР (СНК РСФСР) 28 мая 1918 года была учреждена Пограничная охрана РСФСР. Тогда же было создано Главное управление Пограничной охраны, в которое в полном составе перешли офицеры бывшего Управления отдельного корпуса пограничной стражи России.
30 марта 1918 года при Наркомате финансов РСФСР было создано Главное управление Пограничной охраны, в 1919 году переданное в ведение Наркомата торговли и промышленности.
24 ноября 1920 года ответственность за охрану государственной границы РСФСР была передана Особому отделу ВЧК при СНК РСФСР — органу по защите государственной безопасности.
27 сентября 1922 года был сформирован Отдельный пограничный корпус в составе войск ГПУ при НКВД РСФСР (после 15 ноября 1923 года — войск ОГПУ при СНК СССР).
С июля 1934 года руководство Пограничными войсками осуществляло Главное управление Пограничной и Внутренней охраны НКВД СССР.
С 1937 года руководство пограничными войсками осуществляло Главное управление Пограничных и Внутренних войск НКВД СССР.
С февраля 1939 года — Главное управление Пограничных войск НКВД СССР.
В 1946 году Пограничные войска были переданы в ведение вновь созданного Министерства государственной безопасности СССР (МГБ СССР), а в 1953 году переданы в МВД СССР.
В 1957 год Пограничные войска, как войска специального назначения, предназначенные для охраны и защиты государственной границы Союза Советских Социалистических Республик, предупреждения и пресечения посягательств на суверенитет и территориальную целостность СССР, переданы в ведение Комитета государственной безопасности при Совете министров СССР (КГБ при СМ СССР), 5 июля 1978 года преобразованного в госкомитет — Комитет государственной безопасности СССР (КГБ СССР). Было создано Главное управление Пограничных войск КГБ СССР.
До 21 марта 1989 года пограничные войска структурно входили в состав Комитета государственной безопасности СССР (КГБ СССР, до 1978 года — КГБ при Совете Министров СССР). При этом пограничные войска одновременно являлись составной частью Вооружённых Сил СССР в период с 1 сентября 1939 года по 21 марта 1989 года[3][4].
21 марта 1989 года Пограничные войска КГБ СССР Указом Президиума Верховного Совета СССР № 10224-XI[5] были выведены из состава Вооружённых Сил СССР (ВС СССР), и с того момента состояли вне штатной численности Вооружённых Сил — как ВС СССР, так впоследствии и ВС РФ.
3 декабря 1991 года КГБ СССР упраздняется и разделяется на 3 отдельных ведомства: Межреспубликанскую службу безопасности, Центральную службу разведки и Комитет по охране государственной границы СССР[6]. Полномочия по охране государственной границы, наряду с рядом других полномочий, были переданы из КГБ СССР в новообразованный Комитет по охране государственной границы СССР, реорганизованный из Главного управления Пограничных войск КГБ СССР[7].
28 октября 1992 года Комитет по охране государственной границы СССР был упразднён[8]. За счёт численности упраздняемого Комитета по охране государственной границы и подчинённых ему войсковых подразделений, Указом Президента Российской Федерации № 620 от 12 июня 1992 года были образованы Пограничные войска Российской Федерации[9] в составе нового Министерства безопасности Российской Федерации[10], действовавшего с январь 1992 года по декабрь 1993 года.
21 декабря 1993 года было упразднено Министерство безопасности Российской Федерации и создана Федеральная служба контрразведки Российской Федерации (ФСК России)[11]. В состав ФСК России вошли практически все подразделения упразднённого Министерства безопасности Российской Федерации, за исключением пограничных войск, выделенных в самостоятельную федеральную службу.
30 декабря 1993 года на базе пограничных войск, входивших в состав упразднённого Министерства безопасности Российской Федерации, была образована Федеральная пограничная служба — Главное командование Пограничных войск Российской Федерации (ФПС — Главкомат)[12].
Ровно через год, 30 декабря 1994 года, Федеральная пограничная служба — Главное командование Пограничных войск Российской Федерации была переименована в Федеральную пограничную службу Российской Федерации (ФПС России). Пограничные войска с 30 декабря 1993 года по 1 июля 2003 года являлись структурной частью Федеральной пограничной службы Российской Федерации (ФПС РФ), являвшейся самостоятельной специальной службой с системе безопасности России.
Основная статья: Федеральная пограничная служба Российской Федерации
Флаг Федеральной пограничной службы Российской Федерации до 2003 года[13].
С 30 декабря 1994 года по 11 марта 2003 года ФПС России существовала как самостоятельная специальная служба России с правами федерального органа исполнительной власти, осуществляющего решение задач по обеспечению государственной безопасности Российской Федерации в пределах своих полномочий. Директор ФПС России находился в прямом подчинении Президента Российской Федерации.
В 2000—2003 годах полномочия ФПС России и Пограничных войск Российской Федерации регулировались Федеральным законом № 55-ФЗ «О Пограничной службе Российской Федерации»[14].
С 1 июля 2003 года указом Президента Российской Федерации[15] упразднена Федеральная пограничная служба Российской Федерации. Её функции переданы в ведение созданной этим же указом Пограничной службе в составе Федеральной службы безопасности Российской Федерации. Для организации деятельности вновь созданной структуры образовывается Организационный департамент Пограничной службы ФСБ России.