Разница в том что на Крымском референдуме местное население почти единогласно и почти со стопроцентной явкой послало Украину нахуй, а Косово оторвали без всякого референдума и наплевав на протесты местного населения, только на том основании что в Косово жила горстка албанцев, и значит Косово это Албания. Еще проще - судьбу Крыма решили его жители, судьбу Косово решило НАТО.