20 декабря 1954 года в городе Фрунзе, на базе Киргизского филиала АН СССР, была образована Академия наук Киргизской ССР (АН Кирг. ССР)[2][3]. Академию возглавил Иса Коноевич Ахунбаев[4].
В развитии науки большую роль сыграли научные станции академии:
Тянь-Шаньская физико-географическая станция (осн. в 1948 году) — география, биология, почвоведение и др.
Тянь-Шаньская астрономическая обсерватория (осн. в 1957 году) — астрономия, техника и пр.
К концу 1960-х годов членами Академии были 1 почётный академик, 28 действительных членов и 20 членов-корреспондентов. В системе Академии работали три отделения и 13 нии: Институт физики и математики, Институт физики и механики горных пород, Институт автоматики, Институт геологии, Институт неорганической и физической химии, Институт органической химии, Институт биохимии и физиологии, Институт биологии, Институт физиологии и экспериментальной патологии высокогорья, Институт истории, Институт философии и права, Институт языка и литературы, Институт экономики; а также отделы географии, общей тюркологии и дунгановедения, биологическая станция, ботанический сад, научная библиотека. С 1959 года издавались «Известия», выходили в свет научные труды по различным отраслям знания[5].
В 1975 году за заслуги в развитии советской науки АН Киргизской ССР была награждена орденом Дружбы народов[6].