Мне не очень нравится это выражение по отношению к строению.
Да, так говорят, и это допустимо, но при этом теряется изначальный смысл слова "церковь".
Церковь - это религиозная организация. Например: РПЦ, Католическая церковь, Лютеранская церковь.
По отношению к зданию/строению правильнее употреблять слова: храм, собор, часовня и т.д.
Я лично слышал от священника такое выражение: "Церковь не на гвоздях, она на костях", имея ввиду, именно то, что церковь - сообщество людей, а не избушка с крестом на крыше.
yaplakal.com