Лебедев Сергей Анатольевич родился в 1966 году в Астрахани.
В 1986 году окончил Харьковское пожарное техническое училище МВД СССР им. Г.И. Петровского, в 1991 году Высшую инженерную пожарно-техническую школу МВД СССР, в 2002 году Юридический институт МВД России и в 2007 году Российскую академию государственной службы при Президенте Российской Федерации. Кандидат технических наук.
На службе в органах внутренних дел с сентября 1983 года. В подразделениях вневедомственной охраны работает с 1993 года, с 2001 года — на руководящих должностях.
С 2005 года по 2011 год — заместитель начальника Департамента государственной защиты имущества МВД России.
С июня 2011 года по июль 2012 года — первый заместитель начальника Главного управления вневедомственной охраны МВД России.
С июля 2012 года — начальник Главного управления вневедомственной охраны МВД России.
Указом Президента Российской Федерации от 19 октября 2016 года назначен на должность заместителя директора Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации – главнокомандующего войсками национальной гвардии Российской Федерации.
Звание генерал-полковника полиции присвоено Указом Президента №258 от 10 июня 2017 года.
Награжден орденом Мужества, орденом Почета, орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени, медалями.