Не, ну они какбе в трюме живут. Трюм первым начинает наполняться водой в большинстве случаев, поэтому крысы бегут не с корабля в целом, а от конкретной воды, которая мочит лапки. А там уж как пойдет.
Хотя пословица звучит "бегут С корабля", то есть как бы прыгают в воду или на доски...наверное.
В моем рассказе они бегут ПО кораблю.