Виктор Бондаренко участвовал в реконструкции Большого Кремлёвского дворца, вокруг которого впоследствии произошёл большой коррупционный скандал, известный как Дело Mabetex.
По словам самого Бондаренко: «Я делал финансирование на Большой Кремлёвский дворец, с которым потом был большой скандал. Я инициировал кредит из Швейцарии, 490 млн долларов, мои люди делали, составлена была схема очень красиво.»
В 2000 году швейцарский следственный судья Даниель Дево направил генеральному прокурору РФ следственное поручение, в котором указывалось, что Виктор Бондаренко и его супруга Равида Абдулхаевна Мингалеева обвиняются в отмывании денег и участии в преступной организации.
Швейцарская компания «Мерката» получила несколько контрактов от Управления делами Президента Российской Федерации: (Контракт по переделке президентского самолёта; Контракт № 136 по реконструкции Большого Кремлёвского Дворца; Контракт № 137 по реконструкции Счётной Палаты в Москве, улица Зубовская, д. 14.) По всем этим контрактам были получены комиссионные.
Из 62,52 млн долларов США, перечисленных за контракты № 136 и № 137, заключённые между компанией «Мерката» и Управлением делами Президента Российской Федерации, господин и госпожа Бондаренко и Мингалеева получили примерно 11 млн долл. США, то есть примерно 18 % из выплаченных за вышеупомянутые контракты комиссионных.
В 2005 году прокуратура итальянского города Тренто выдала ордера на арест восьми российских граждан, причастных к делу Mabetex.
Среди обвиняемых по делу об отмывании денег прокурор назвал Виктора и Равиду Бондаренко, Евгения Ананьева, Виктора Махитского, Андрея и Маргариту Нероденковых (зять и дочь бывшего главы Государственного таможенного комитета России Анатолия Круглова), Милену Новоторжину, дочь Павла Бородина Екатерину Силецкую и адвоката Грегори Коннора, единственного среди обвиняемых не имеющего российского гражданства. Всего, как считает следствие, они отмыли $62,52 млн, полученных в виде взяток за контракты на строительные работы в Кремле.