Napoleo В моем фонтанчике, я просто забил на этот вопрос, так как это место у моторчика было герметичным(скорее всего плотно притерным, но воду не пропускало). Поэтому после сборки и припаивания проводов, я просто облил все термоклеем для герметичности.
Если попадание воды на мотор для Вас так критично, то советую располагать самодельную помпу вот таким образом. В этом случае вода просто не достанет до мотора, но все будет прекрасно работать.
yaplakal.com