Там и без влияния человека всё нестабильно было:
"В XV веке Аральского моря как единого целого ещё не существовало. Относительно полноводным оно стало только после 1573 года.
В историческую эпоху происходили существенные колебания уровня Аральского моря. Так, на обнажившемся после отступления воды дне были обнаружены остатки деревьев, росших на этом месте.
По некоторым оценкам, ранее Амударья по рукаву Узбой впадала в Каспийское море, а река Тургай — в Арал" (Википедия)
Хрупкая экосистема, которую оказалось очень просто вывести из равновесия.