Совершенно верно. Влагалище - от слова влагать/вложить, раньше ножны для меча также называли влагалищем. Так что по сути влагалище вполне могло назвываться и ножнами.
Кстати, в немецком языке влагалище и ножны являются омонимами, т.е. пишутся одинаково - die Scheide (нем.) - ножны, влагалище.