Мэпплторп родился 4 ноября 1946 года в пригороде Нью-Йорка. Он рос в семье ревностных католиков, которые обеспечили своим шестерым детям спокойное и радостное детство. Видимо уже в то время Роберт был бунтарем; во всяком случае, он вспоминал первые годы своей жизни без особых восторгов:
«Я провел детство в американском пригороде», — рассказывал он позднее, — «Очень спокойное место: отличное, чтобы провести детство, и еще лучше — чтобы покинуть его навсегда».Так он и поступил, в 16 лет переехав в Бруклин и вернувшись в родной Квинс только на собственные похороны 27 лет спустя…
Мэпплторп был в основном студийным фотографом. Он часто фотографировал цветы — в основном орхидеи.