Как видим 777-200ER имеет компоновку иллюминаторов как у Malaysia Airlines, только бриты выбиваются из серии, объяснение кроется в салоне первого класса
А причина заглушек в банальной экономии, Боингу нет смысла строить новый фюзеляж под конкретный заказ салона, поэтому он строит фюзеляж по одному проекту, а в те места где внутренние коммуникации перекроют иллюминатор он ставит заглушку.
Что проходит на 777-200ER в районе второй двери? Проходит там воздушная магистраль идущая снизу на потолок самолета, она перекрывает иллюминаторы в этих местах. Часть этой воздуходувки