Отдельный пункт за ремонт кровли можно не оплачивать.
Существует перечень работ для обслуживания дома ПП №290. Там есть ремонт кровли.
п.4 проверка состояния утеплителя, гидроизоляции и звукоизоляции, адгезии отделочных слоев к конструкциям перекрытия (покрытия);
при выявлении повреждений и нарушений - разработка плана восстановительных работ (при необходимости), проведение восстановительных работ.
Попросите деньги вернуть в досудебном порядке. Далее жилинспекция.