Советский орфографический словарь говорит, что отчества Геннадиевич и Геннадьевич и т.п. одинаково имеют право на существование. И оба происходят от одного имени.
Только тупая клуша 50-60лет, сидящая в окошке какого-нибудь муниципального учреждения уверяет обратное. И ей похуй на всякие постановления. Разное написание данных - разные люди, и обратного ей не докажешь.
Вот такова бюрократическая правда жизни. Бегать, сводить все документы под один знаменатель - потеря времени, подавать в суд - потеря времени и денег.