И большинство этих нелогичностей уходит глубоко в историю развития языка. Где-то гласные стали твёрже, где-то было взаимодействие с другими языками, где-то менялись ударения- и всё это повлияло на современный язык. Для тех, кто разбирается, многое становится логичным.