По идее, в вопросительных предложениях are должно стоять перед you. Но, если честно в СШ такими тонкостями уже мало кто заморачивается, как и не добавляют don't you? didn't you? aren't you? в конце вопросительных предложений, пример -
"You think you're clever, don't you?
Кроме того, американцы не любят много ворочать яыком и очень многое что в разговорной речи сокражают, особенно они это любят делать с звуками Т и Р. (Самый простор пример - Twenty - все говорят как Твони ат thirty - как Тори). Если кто-то говорит твенти - значит он недавно приехал) .
Поэтому многие говорят you're вместо are you, так короче и проще.
А в вопросе "How are you doing?" are вообще многие выбрасывают и спрашивают "How you doing?"
yaplakal.com