Перед началом Великой Отечественной войны на архипелаге насчитывалось 12 постоянных поселений. 18 августа 1942 года была образована Новоземельская военно-морская база в составе Беломорской военной флотилии, 10 сентября было закончено строительство аэродрома в Рогачёво, 25 сентября — морского аэродрома в бухте Самоед, оборудованы пирсы в бухте Белушья Губа.
После выселения ненцев на материк, решением исполкома Архангельского областного Совета депутатов трудящихся от 15 июля 1957 года с 1 августа 1957 года был упразднён Новоземельский островной совет в соответствии с постановлением Президиума Верховного Совета РСФСР № 764 от 27.08.1956 года.
В 1957 году на архипелаге был создан полигон для испытаний ядерного оружия