Религия никогда не занимала главенствующего положения в Монгольской империи, но многие великие ханы и правители рангом пониже были воспитаны матерями-христианками и получили образование от наставников-христиан. Среди монголов было несколько выдающихся христианских деятелей: Сорхахтани-беки, невестка Чингисхана и мать великих ханов Мункэ, Хубилая, Хулагу и Ариг-Буги; Сартак, хан Золотой Орды; Докуз Хатун, мать правителя Абаки; Наян, потомок одного из братьев Чингисхана, поднявший восстание против Хубилая в Маньчжурии; Китбука, военачальник монгольских войск в Леванте, сражавшийся в союзе с христианами. Также заключались брачные союзы с западными державами, как, например, в 1265 году, когда Мария Палеологина, дочь императора Михаила VIII Палеолога, вышла замуж за Абаку. Тохта, Улджейту и Озбег также имели греческих хатун. В состав Монгольской империи входили земли Восточной православной церкви на Кавказе и в России, Армянской апостольской церкви в Армении и Ассирийской церкви несторианцев в Центральной Азии и Персии.
В 13 веке были предприняты попытки заключить франко-монгольский союз с обменом послами и даже военным сотрудничеством с европейскими христианами на Святой земле. Ильхан Абака послал тумен для поддержки крестоносцев во время Девятого крестового похода в 1271 году. Несторианский монгол Раббан Бар Саума посетил некоторые европейские дворы в 1287-1288 годах. В то же время, однако, ислам начал прочно укореняться среди монголов, а те, кто принял христианство, такие как Текудер, стали мусульманами.