Блин, напутал. Конкретно эти вот элементы (__, **,--) являются частью языка Markdown. Хотя я так толком и не разобрался, в чем отличие Markup от Markdown. Но вроде как Markup-ом можно любой язык разметки назвать, в принципе. А markdown - это облегченная версия с очень ограниченными возможностями. Наверное, в этом разница.