В желудке вообще раствор соляной кислоты, что ему тот лук.
Если есть какие-то заболевания, типа гастрита - тогда да, может полохеть (не от самого лука, а от того, что лук стимулирует секрецию), а со здоровым ничего не будет.
В древности сырой лук был вполне обыденной крестьянской пищей (хотя, может быть, тогдашние сорта лука были не такие острые, как теперь).