Из-за трения об воздух... Кстати не обязательно чтобы тоннель проходил через центр планеты, например, если прорыть жд тоннель между Москвой и Питером, то состав можно будет пускать без локомотива

Скорость (и соответственно энергию) которую он наберет на участке "спуска" будет достаточна для преодоления участка "подъема", если, конечно не брать в расчет силу трения...