Пфайфер широко известна своей активистской и благотворительной деятельностью. На протяжении 10 лет ее племянница страдала от лейкемии, из-за чего актриса стала меценатом Американского онкологического общества.
В 2016 году она вошла в совет директоров Рабочей группы по окружающей среде, которая занимается вопросами сельскохозяйственных субсидий, использования токсичных химикатов и их воздействия на здоровье. Кроме того, Мишель — убежденный веган. Она делилась, что к отказу от мяса ее подтолкнули раковое заболевание Билла Клинтона и ранняя смерть отца.
Актриса считает свой рацион ключом к красивому старению и пропагандирует свой образ мысли в правозащитной группе Environmental Working Group.