ЖКИ всегда дублируются аналоговыми приборами (по крайней мере у нас).
смотри "Передняя кабина Су-30МКИ".
В авиации все задублировано, а в некоторых случаях системы повторяются по 3 раза (основная, резервная, аварийная).
В случае ЭМИ ЛА будет уже не боеспособен, так как будет "слеп" и его задача будет только дойти до базы обратно. И я уверен, что уже есть средства, которые могут минимизировать данное воздействие.