Бехеровка обязана своим названием карловарскому аптекарю немецкого происхождения Йозефу Витусу Бехеру (чеш. Josef Vitius Becher), который начал продавать этот напиток в 1807 году. В 1841 году его сын, Йоганн Бехер, открыл производство напитка на промышленной основе.
В 1890 году Густав Бехер зарегистрировал торговую марку «Йоган Бехер» в честь своего отца.
В 1945 году, после освобождения советскими войсками от немецкой оккупации территории Чехословакии в рамках кампании по национализации семья Бехеров была выслана из страны. Фирма была национализирована, название с «Йоганн Бехер» было изменено на «Бехеровка»