Как уже лет 10 занимающийся ремонтами санузлов, скажу так. Чем больше слоёв чего то, тем больше вероятность, что отвалится. Поэтому и стены и пол зря не отбил. Выравнивание не так обязательно в таких узких туалетах, хотя и желательно. Зависит от кривизны стен.
Про отбитый порожек. Обычно отбиваю. Предварительно спросив мнение хозяев. При полной замене труб, кроме стояка, потечь может только стояк. А это уже зона ответственности ЖЭУ. Да и видно, если стояк сильно ржавый, меняется и он.
Всё остальное более-менее, некоторые вещи я бы просто сделал по другому.
Дерево в коробе не желательно, но я разбирал старые 10-летние короба и ни одно не повело. Просто профиля можно вплотную под трубы частенько подогнать. А 2-3 см иногда важны.
yaplakal.com