Я сталкивался с таким вирусняком. Он делает скрытыми все папки в корне флешки, а на их место прописывает линки *.lnk . Феерическое гуано получается. Открыв любой *.lnk ты запускаешь скрипт прописанный в нем. Автоматом вирус оседает в temp, прописывается в реестре и "бросается" от туда на свежие флешки. Какой извращенец придумал такой вирус - я не в курсе. Под линем флеха лечится на раз: убиваем линки; стираем все подозрительные файлы; расхайдживаем (делаем видимыми) директории.
Либо делаем все из под чистой винды в консоле, предварительно отключив автозапуск со сменных носителей.
А да, еще маленький совет для XP пользователей, чтоб носители автоматом не запускались (чтоб заразная флеха не запустилась под вашей системой): В пуске набираем: gpedit.msc
Далее лезем в разделы:
/Конфигурация компьютера/Административные шаблоны/Система/Отключить автозапуск (Включен для "всех дисководах")
и
/Конфигурация компьютера/Конфигурация пользователя/Система/Отключить автозапуск (Включен для "всех дисководах")