12 (дюжина) - удобное число, делится без остатка на 2/3/4/6. 13 - простое число, неудобное для расчетов частями. Как делить год на полугодия, на декады/кварталы?
В сутках тоже два времени (день и ночь) по 12 часов, так считать удобнее было изначально.