По сведениям Ломоносова - Ѣ - произносится "мягко", а Е - "твёрдо".
Большинство людей в то время хорошо различали эти звуки.
Скажем, слово "хлеб" произносилось, как "хльеб" - и поэтому там писался Ѣ.
Однако, уже в начале XIXв разница в звуках исчезла, и где какая буква должна писаться - чисто заучивалось.
Примерно, как в английском сейчас - говорят "дотэ", а писать надо почему-то "daughter".