15 июня 1992 года Игорь Гиркин окончил Московский государственный историко-архивный институт[23], однако профессии историка предпочёл карьеру военного и вместе со своим другом-реконструктором Андреем Цыгановым[24], заранее нелегально купив две винтовки образца 1891 года. Вечером 16 июня, поездом из Москвы, убыл добровольно воевать в Приднестровье; утром 18 июня прибыл на железнодорожную станцию Тирасполя[17].
Во время службы в рядах казаков-черноморцев Стрелков неоднократно ходил в разведку. По его инициативе бойцы соорудили свой первый «танк», обшив стальными листами бульдозер; этот бульдозер смог перевернуть молдавский бронетранспортёр, после чего экипаж бронемашины бежал, а у казаков-черноморцев в распоряжении оказался собственный БТР-70. Участвовал в задержании группы диверсантов во главе с румынским инструктором, которые пытались взорвать плотину Дубоссарской ГЭС[25].
Воевал в русском добровольческом отряде в Боснии и в бригадах Войска Республики Сербской. Там он получил от сербов прозвище «царский офицер» за монархические взгляды и манеры, характеризовавшие офицеров Российской империи прошлого. Воевал у городов Вишеград и Прибой. В конце 1990-х годов Стрелков опубликовал автобиографический «Боснийский дневник»[17].
Служба в Вооружённых силах России и ФСБ
В 1993—1994 годах проходил срочную службу в Вооружённых Силах Российской Федерации[26].
После завершения срочной службы в 1994 году остался служить по контракту на сержантских должностях: сначала — в составе мотострелковой бригады, затем — в качестве разведчика-дальномерщика взвода управления миномётного дивизиона[27].
В марте — октябре 1995 года служил в 166-й отдельной гвардейской мотострелковой Витебско-Новгородской дважды Краснознамённой бригаде[17][26], принимал участие в Первой чеченской войне Далее служил в других регионах России до 1998 года С 1998 года по 2005 год служил в частях специального назначения ФСБ: с 1998 года — в Дагестане, а c 1999 года — в Чечне Участвовал в боевых действиях в Дагестане, а затем во Второй чеченской войне
В августе 1999 года специальные корреспонденты газеты «Завтра» Александр Бородай и Стрелков подготовили репортаж из Кадарской зоны Дагестана о том, как спецназ МВД проводил «зачистку» нескольких сёл, где проживали ваххабиты
По словам российского правозащитника Александра Черкасова, председателя совета правозащитного центра «Мемориал», Игорь Стрелков в 2001 году служил в 45-м отдельном разведывательном полку ВДВ (ныне 45-я отдельная гвардейская бригада специального назначения) в окрестностях села Хаттуни Веденского района Чечни
В 2013 году уволился из ФСБ в звании полковника