Ну там долгая история.
Когда после ухода СССР в Афганистане началась дележка власти, то в ней участвовали несколько группировок. И победившая, которая станет Талибаном, была противником той, которую мы называем "моджахеды".
Моджахеды во многом были внешней силой для Афганистана, там была часть своих, но и огромное количество пакистанских наемников. Поэтому местные хоть и были к ним лояльнее, чем к СССР, но оставшись с ними один на один с легкостью записали их во врагов.