Все это касается масс- сегмента.
Никто не мешает арендовать VPS, поднять Openfire, c TLC, сертификатами и прочим. И все это через VPN.
Так что терр. группировки могут спать спокойно. Но, решение плохо подходящее для массовости. Для группы из 20-50 человек- вполне.
И даже обфускация не сильно нужна, банальное AES-256 заипешся расшифровывать, особенно построенный не на проприетарных решениях.
А расшифровав- наткнутся на TLC мессенджера. 
Дисковые пространства= деньги. Никто слепок вашей машины долго хранить не будет.